Монастырь основан на месте Свято-Пречистинского собора - памятника Гродненской архитектурной школы XII в. (Каменный фундамент и часть стен храма были обнаружены во время ремонтных работ под слоем земли в 80-х годах XX в.) Около 1633 г. при соборе был основан женский базилианский монастырь. В 1654 году древний храм вместе со строениями сгорел. Тогда на месте пожарища построили деревянную церковь с монастырскими постройками. Но еще один пожар вновь все уничтожил. В 1720 – 1726 годах Киевским митрополитом Львом Кишкою на месте соборной Пречистенской церкви был построен каменный храм Рождества Богородицы и жилой корпус монастыря (1726 - 1751 годы). После самороспуска униатской церкви в России в 1843 году все помещения монастыря и церковь были переданы во владения Православной Церкви. К 1848 году на пожертвования прихожан интерьеры церкви были отремонтированы по православным канонам, а с восточной стороны жилого корпуса в 1866 году была построена теплая монастырская церковь в честь св. Сергия Радонежского, а также хозяйственные корпуса. Во время военных действий в 1915 г. храм был поврежден, монастырский корпус и хозяйственные постройки пострадали меньше. Значительная часть внутреннего убранства храма сгорела или была повреждена. Но уже через несколько месяцев в кое-как отремонтированном храме проходили богослужения. Во время второй мировой войны монастырь продолжал действовать, пусть и со значительными ограничениями. Во время освобождения Гродно в 1944 году здания и имущество практически не пострадали.
До революции при монастыре существовала церковная школа для девочек, а также богадельня для престарелых одиноких женщин. Здесь находили приют иудеи и магометане, которые готовились принять православную веру. Монастырь владел двумя имениями в деревнях Грандичи и Русота, двумя земельными участками в деревнях Каплица и Ольшанка, имелись также мельница на реке Лососянка и рыболовецкое озеро на границе Слонимского и Пинского уездов - Вадотуническое. Рядом с монастырем находился богатый на урожай фруктовый сад. В послевоенное советское время земля с огородами была отобрана под парк. Летом 1960 года была экспроприирована и собственность монастыря. Все его насельницы были переведены в Жировичскую обитель. В здании монастырского храма разметилось местное ДОСААФ. В нем чинили спортивные мотоциклы, в монастырском дворе выгуливали собак члены клуба служебного собаководства.
В 1977 г. здания монастыря передали Республиканскому музею атеизма и религии. В самом Рождество-Богородичном храме стали проводиться концерты (в алтаре стоял рояль), а в Свято-Сергиевской церкви проводились выставки художников и выставлялись экспозиции самого музея. В 1992 – 1995 гг. православному женскому монастырю были возвращены монастырские здания и главный храм. В 1992 г. в праздник иконы Божией Матери «Боголюбская» было совершено первое после закрытия богослужение в храме Рождества Пресвятой Богородицы. А с праздника Успения Божией Матери (9/28 августа) стали совершаться постоянные монастырские уставные богослужения в Свято-Сергиевском храме монастыря.
В настоящее время монастырский комплекс включает церковь Рождества Пресвятой Богородицы, церковь во имя Святого преподобного Сергия Радонежского, жилой и хозяйственный корпуса, часовню. В главном соборе монастыря пребывает чудотворный образ Божией Матери «Владимирская», чтимый мироточивый образ Сергия Радонежского.